Ermittelt wird das steuerliche Ergebnis von der Gesellschaft. Ist dies erst einmal geschehen, so erfolgt eine Verteilung auf die Anleger. Die Gesellschafter sind dabei steuerpflichtig im Rahmen der eigenen individuellen Einkommensteuer. Damit ist die Ausschüttungshöhe vollkommen unabhängig von dem steuerlichen Ergebnis. Die Schifffondsgesellschaften erzielen die Einnahmen aus einem Gewerbebetrieb. Dies ist jedoch nur möglich, wenn die Gesellschaft wirtschaftlich arbeitet. Der steuerliche Gewinn selbst kann ganz einfach pauschal anhand der Nettoraumzahl vom Schiff ermittelt werden. Voraussetzung hierfür ist jedoch, dass ein Antrag für den internationalen Verkehr vorliegt. Die Bereederung des Schiffes muss dafür im Inland erfolgen und auch der Sitz der Fondgesellschaft muss im Innland liegen. Gebunden ist die Gesellschaft an diesen Vertrag ganze 10 Jahre. Dabei führt die Tonnagesteuer zu geringen Gewinnen, die pauschal ermittelt werden können. Sie haben mit den realen Gewinnen oder Verlusten jedoch rein gar nichts zu tun. Für die Kommanditisten bedeutet dies, dass ein geringer steuerlicher Gewinn von rund 0,1- 0,4% des Kommandatitkapitals zutage kommt. Dieser Gewinn muss individuell versteuert werden. Wichtig ist es in dieser Hinsicht jedoch zu wissen, dass durch die Tonnagesteuer der spätere Gewinn durch Veräußerung des betreffenden Schiffs schon abgegolten ist.

Sehr interessant sind Schiffbeteiligungen auch in Hinblick auf eine Erbschaft oder Schenkung. Ist der Anleger in das Handelregister eingetragen, so kommen ihm die niedrigen schenkungs- und erbschaftssteuerlichen Werte zugute. Hierbei dient der anteilige Steuerbilanzwert als Bemessungsgrundlage. Vorteilhaft ist in diesem Zusammenhang ebenfalls, dass ein Freibetrag von rund 225.000 Euro existiert. Dieser darf jedoch nur einmal in 10 Jahren genutzt werden. Obendrein gibt es einen Bewertungsabschlag in Höhe von 35% laut § 13a ErbStG und eine Tarifbegrenzung nach § 19a ErbStG.

Ungeachtet dessen entfallen diese steuerlichen Begünstigungen jedoch, wenn die Schiffsbeteiligungen in den darauf folgenen 5 Jahren weiter verkauft werden oder die Schiffsgesellschaft aufgegeben wird. Zudem darf die Summe der Entnahmen in 5 Jahren den Wert der Einlagen und Gewinnanteile nur maximal um 52.000 Euro überschreiten. Liegt eine treuhänderische Beteilung vor, so gelten diese steuerlichen Vorteile nicht.